至正二十三年（1363年），皇太子爱猷识理达腊一党诬陷元惠宗母舅老的沙等人，老的沙逃入大同的孛罗帖木儿营中。知枢密院事秃坚帖木儿一向与老的沙友善，也随老的沙西去了大同。大同镇帅孛罗帖木儿与秃坚帖木儿是几十年的朋友，便将他们留在军中保护起来。奇皇后与左丞相搠思监就诬陷老的沙图谋不轨，遣使到大同索要老的沙。孛罗帖木儿替他辩护，拒绝了来使的要求，搠思监与朴不花便弹劾孛罗帖木儿私匿罪人，元惠宗就下旨削夺孛罗帖木儿的官爵。孛罗帖木儿于是就以清君侧为名率军攻入大都。
元惠宗的军队不堪一击，很快孛罗帖木儿就攻下居庸关，列营在清河，使得京城为之震动。元惠宗立即遣国师达达央求秃坚帖木儿罢兵。秃坚帖木儿说：“罢兵不难，只要将搠思监、朴不花执送到军前。”元惠宗只好如约将二人绑去军营。秃坚帖木儿命军士将搠思监与朴不花斩首营前。接着孛罗帖木儿就率兵入建德门，见到元惠宗。元惠宗对孛罗帖木儿慰劳一番，不仅恢复了孛罗帖木儿官爵，还赐授为平章政事，并加封太保，仍旧镇守大同。
奇皇后与太子怀恨不已，遣使到扩廓帖木儿那里命他调兵北讨孛罗帖木儿。扩廓帖木儿与孛罗帖木儿一向有仇，便立刻发兵去打大同。孛罗帖木儿察知此事，再次率兵攻打京师，皇太子亲自督兵守御清河，不料军无斗志都跑得一干二净。皇太子知道京师也守不住，便由小路西去投奔了扩廓帖木儿。元惠宗先是加封孛罗帖木儿为左丞相，老的沙为平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。接着进封孛罗帖木儿为右丞相，节制天下的军马。
孛罗帖木儿入大都后，几个月时间就腐化得一塌糊涂。这位蒙古人未读过什么圣贤书，又是武人出身，骄横跋扈，一天甚似一天。孛罗帖木儿专权后，驱逐宫中的西番僧，诛杀秃鲁帖木儿等十多个人，遣使请皇太子还京。皇太子与扩廓帖木儿檄召各路人马入讨孛罗帖木儿。孛罗帖木儿大怒，带剑闯入后宫，要元惠宗交出奇皇后。元惠宗吓得浑身发抖，不能说一句话。于是孛罗帖木儿自己指挥着宦官宫女拉奇皇后出宫，幽禁在总管府。奇皇后为求活命，哀求说要把女儿嫁给孛罗帖木儿，相约某日成婚。结果，“良辰”未到，孛罗帖木儿就派人来催，急不可耐地要娶公主。奇氏皇后托称陪嫁物未准备齐全，孛罗帖木儿派来的人禀称：“先把人娶走，陪嫁过后送来不迟。”放下话后，士兵们抢人一样就把公主运回了兵营。
孛罗帖木儿接连几个月内连娶四十名皇族宗室妇女，每天早饭一定会与这四十名美女一进餐，左右伺侯的仆从达数百人，珍馐美味，恣其所欲。每次他上朝办公，也要和大阅兵一样，四十位美女盛妆饯行，花枝招展，每人托黄金酒盏，人各进酒一盏，痛饮四十盏后，这位大丞相才会纵马入宫。
孛罗帖木儿得寸进尺，他派人入宫，向元惠宗索要皇帝自己平素钟爱的几个妃子。元惠宗这个时候的血性腾地被一下子激起，他开始暗中准备，杀掉孛罗帖木儿这个“逆臣”。一天孛罗帖木儿接到皇帝急诏入宫，刚骑马驰到宫门，几十个勇士持刀将他刺死。老的沙听到孛罗帖木儿被杀，急忙带着他的眷属出大都北逃，被追及后乱刀砍死，不久秃坚帖木儿也被守兵所杀。
扩廓帖木儿接到奇皇后的密谕，让他率兵拥太子入城胁元惠宗禅位。扩廓帖木儿却没有听奇皇后的，快到京城的时候遣还了军队，只带数骑送太子入朝。奇皇后母子由此非常怨恨扩廓帖木儿。元惠宗任命扩廓帖木儿为左丞相。当时因军费开支过于巨大，政府筹措无术，靠印发纸币解决，导致纸币滥发无度，时政恶性循环，江、淮、川蜀，已全部陷没。扩廓帖木儿自请出征辞别了元惠宗。
至正二十五年，皇后伯颜忽都在冷落寂寞中去世，享年四十二岁。元惠宗册立次皇后奇氏为皇后。因为奇氏出自高丽，立她为正后有背祖制，于是改奇氏为肃良合氏，冒充蒙古族的后裔。奇皇后看见伯颜忽都所遗留下来的衣服都十分破旧，便嘲笑说：“身为皇后怎么穿这么破旧的衣服啊？”
扩廓帖木儿率兵南进，但此时的元朝地方军队都忙着扩充自己的地盘，互相打内战。扩廓帖木儿因为镇将不受调遣，不能去讨贼，便西攻那些拒绝命令的元朝军队。皇太子乘隙进馋言说他奉命南征，却反而西进与自己人互相残杀。元惠偶只能怪遣使令他罢兵，扩廓帖木儿拒不受诏，皇太子派人离间扩廓帖木儿的部下，不久他的部下都叛离了扩廓。扩廓帖木儿最后引兵据太原，尽杀元朝所置的官吏。
元顺帝下诏削扩廓帖木儿太傅、左丞相等官职，只保留河南王的爵位，扩廓帖木儿的兵权被白锁住、也速、沙蓝答儿、貊高等人瓜分。扩廓帖木儿接到诏书后，便退据泽州（今山西晋城），后又攻占冀宁，杀尽元廷命官。至正二十八年（1368年）二月，元廷削除扩廓帖木儿的爵位，命诸军共击之，扩廓帖木儿退守晋宁（今山西平阳）。就在扩廓帖木儿与各路军阀混战之际，朱元璋派徐达、常遇春率25万大军北伐元朝，并于至正二十四年（1368年，洪武元年）正月初四即皇帝位，改国号为大明。
